Utworzono ją wraz z13 innymi terenowymi jednostkami Najwyższej Izby Kontroli na podstawie ustawy o kontroli państwowej z 9marca 1949r. Wcześniej rozpoczęła działalność jako delegatura Biura Kontroli w styczniu 1946r. Przez lata metody pracy olsztyńskiej delegatury nie odbiegały od sposobów działania winnych ośrodkach, choć specyfika terenu Warmii i Mazur od początku wyznaczała priorytety. Aktywność kontrolna Delegatury NIK w Olsztynie, od przemian ustrojowych w1989r., jest ściśle związana z funkcjonowaniem i kierunkami badań kontrolnych realizowanych przez NIK jako naczelny organ kontroli państwowej. Oznacza to przede wszystkim zaangażowanie w kontrole planowane i koordynowane centralnie. Jednak specyfika regionu, uwarunkowana m.in. położeniem geograficznym, stanem środowiska naturalnego, sytuacją demograficzną, czy poziomem rozwoju gospodarczego, również determinuje obszary działań, zwłaszcza w ostatnich kilkunastu latach.