Rzeka Wilga należy do najbardziej zanieczyszczonych rzek w Krakowie. Zanieczyszczenie tej rzeki wynika głównie z obecności obiektów przemysłowych w jej pobliżu. Analizy miana coli próbek wody pobranych w 16 miejscach (począwszy od źródła rzeki w Raciborsku aż do Podgórza w Krakowie) wzdłuż rzeki przeprowadzone zostały w 2014 roku. Analiza ta jest podstawową metodą służącą do wykazania obecności ścieków w ciekach wodnych i jest oparta na pojawieniu się pęcherzyka powietrza w rurce Durhama, co z kolei jest efektem fermentacji laktozy prowadzonej przez bakterie Escherichia coli. Wodę o największej czystości wykazano w środkowym biegu rzeki, gdzie zaobserwowano szybki nurt oraz brak zabudowań gospodarczych w pobliżu rzeki. Wodę złej jakości stwierdzono nawet przy źródle rzeki, gdzie miano coli wynosiło 0,1. Wilga wykazuje tendencję do samooczyszczania się, co można było zaobserwować na odcinkach: Janowice-Sygneczów-Gołkowice oraz Swoszowice-Łagiewniki. Rzeka ta wykazałaby sporą tendencję do samooczyszczania się w przypadku braku ścieków odprowadzanych w sposób pośredni i bezpośredni. Samooczyszczanie się rzek jest procesem długotrwałym, dlatego przy znacznym dopływie ścieków proces ten jest hamowany i przez to trudny do zaobserwowania.
JavaScript is turned off in your web browser. Turn it on to take full advantage of this site, then refresh the page.